JOD struktūra įtvirtinta organizacijos įstatuose. JOD vadovauja pirmininkas, vicepirmininkai, kiti valdybos nariai. 2008 m. gruodžio 15 d. į komandą įsitraukė savanoriai, dirbantys prie JOD valdybos ir apskričių koordinatoriai, kurie padeda skyriams veikti aktyviau ir kokybiškiau, bando atkurti neveikiančius skyrius. Svarbiausi organizacijos sprendimai priimami JOD visuotiniame delegatų suvažiavime arba JOD taryboje, kurią sudaro visų skyrių pirmininkai ir JOD vadovybė.

Remdamiesi Lietuvos jaunimo organizacijų tarybos (LiJOT) ir „Organizacijų vystymo centro“ (OVC) parengtomis rekomendacijomis, JOD vadovai įdiegė veiklos kokybės standartus privalomus JOD skyriams ir centrinei organizacijos vadovybei.